当前位置:科学网首页 > 基金首页 > 基于蛋白质科学(上海)设施5线6站高通量线站BL17B的自动化药物筛选系统的开发
相关基金

国家自然科学基金项目查询

基于蛋白质科学(上海)设施5线6站高通量线站BL17B的自动化药物筛选系统的开发

批准号31300604 学科分类生物分子结构测定与功能 ( C050101 )
项目负责人武丽杰 负责人职称副研究员 依托单位中国科学院上海生命科学研究院
资助金额25.00
万元
项目类别青年科学基金项目 研究期限2014 年 01 月 01 日 至
2016 年 12 月 31 日
中文主题词同步辐射;蛋白质晶体学;药物筛选;自动化;
英文主题词Synchrotron Radiatioin;Protein Crystallography;Drug Screen;Automation

摘要

中文摘要 基于X射线晶体学的蛋白质与配体相互作用研究是生物医药研发中确定药物先导化合物十分的重要手段。2013年底建成的蛋白质(上海)设施5线6站中的3条大分子晶体学线站在国内生物医药研发中将发挥重要的作用。本自动化先导药物筛选系统,将以5线6站中的大分子晶体学线站BL17B为依托,参考当前生物大分子晶体学同步辐射线站最新的实验技术以及大分子X射线晶体结构解析的最新方法来进行开发。本系统包括:晶体衍射数据的自动收集,自动处理;蛋白质晶体结构的自动解析和配体位置的自动搜索。整个系统将封装在一个用户友好的界面下,使得用户可以很容易的使用,并迅速得到正确的实验结果。本系统的成功研发,在大大提高同步辐射线站的使用效率的同时,也降低了药物研发人员在数据收集和结构解析方面的工作量,使得研发人员可以有更多的时间和精力投入到药物研发其他阶段的工作中。
英文摘要 BL17B, located in Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF), is one of the most important protein crystallographic beamlines that constructed by National Protein Sciences (Shanghai) Facility (NPSF). BL17B using bending magnet(BM) as x-ray source and MD2+MX300+Rigaku Actor in Endstation, is designed as a beamline that has the ability of automatic data collection and high throughput structure solution for normal protein crystals. Structure-based drug design is a hot spot in drug research area all over the world. Because of the high ability for illustrating the interaction mechanism of protein-protein and protein-ligand in atomic level, protein crystallography, as one of the most important parts of structure-based drug design, is receiving more and more attention. Rather than structure biology, which aims at solving a novel protein structure or a novel protein-protein complex to explicate a task in biology, protein crystallography in structure-based drug design focuses on the interaction between protein and ligand, while the structure of protein may probably be solved before. In order to improve the efficiency of BL17B, an automatic drug screening system is to be developed and integrated in the user programs of BL17B. Besides of automatic data collection, the system will also contain automatic diffraction data process (including data index, space group determination and data integration), automatic protein structure determination (probably using the method of molecular replacement), and automatic ligand recognition.
结题摘要 以蛋白质晶体衍射数据处理程序XDS为核心开发了自动化衍射数据处理程序wxXDS。对一些衍射好的数据,此程序可以从用户输入的一套或几套衍射数据图开始自动衍射指标化,自动衍射强度积分和合并以及自动定空间群;对衍射质量比较差的数据,程序也可以在用户的干涉下分步执行以上操作,方便用户实时调整使用的参数。 以晶体学结构解析程序OASIS和PHASER为核心开发了自动化结构解析程序包。此程序包只需要用户输入蛋白质序列和衍射数据即可以判断需要做反常散射还是分子置换,从而自动选择相应的解析流程,包括自动重原子搜索,自动相位解析,自动模型构建和自动结构修正。并可以判断模型是否构建完整,在需要的时候还可以自动进行迭代建模。 国家蛋白质科学中心第二系统蛋白质晶体结构测定系统采用了两台像元阵列探测器PILATUS6M,本课题还做了基于此探测器的数据收集策略研究,以提高数据收集的效率和质量,为第二系统用户的实验提供更优质的服务。

成果

序号 标题 类型 作者

关于我们| 网站声明| 服务条款| 联系方式| RSS| 中国科学报社 京ICP备14006957 京公网安备110402500057号
Copyright @ 2007- 中国科学报社 All Rights Reserved
地址:北京市海淀区中关村南一条乙三号   电话:010-62580783