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白颊长臂猿与人基因组中同源断裂位点的定位、测序及长臂猿基因组进化的分子机制

批准号30571041 学科分类动物表型与进化 ( C060204 )
项目负责人杨凤堂 负责人职称研究员 依托单位中国科学院昆明动物研究所
资助金额23.00
万元
项目类别面上项目 研究期限2006 年 01 月 01 日 至
2008 年 12 月 31 日
中文主题词白颊长臂猿;fosmid 文库;染色体进化断裂位点;分子机制
英文主题词

摘要

中文摘要 应用分子生物学和分子细胞遗传学手段,以液氮冻存的白颊长臂猿组织作为文库DNA来源, 构建白颊长臂猿~3×fosmid全基因组文库。随机从fosmid文库中挑选250个克隆,经脉冲场电泳检测插入片段大小的平均值。利用已知的包含断裂位点的人BAC序列, 设计引物或者制备探针,通过膜杂交,从白颊长臂猿的fosmid文库中挑出有阳性信号的克隆。再经FISH验证,找到包含同源断裂位点的白颊长臂猿fosmid克隆,经序列测定后进行人与长臂猿同源断裂位点两侧的序列比较分析。阐明造成白颊长臂猿染色体快速进化的分子机制。也为筛选人类疾病候选基因和阐明人类遗传疾病发生机制积累基础资料。
英文摘要
结题摘要 尽管长臂猿和大猿、人类同属人猿超科,但它们不同其他物种灵长类物种和大多数哺乳动物,它们的染色体在进化过程中经历了广泛的重组,因而长臂猿是研究进化过程中染色体重排分子机制的理想的模式物种。进化的染色体断裂位点的克隆和序列特征分析将有助于我们了解驱动长臂猿核型快速重排的分子力量。在本研究中,我们构建了白颊长臂猿的Fosimd文库。该文库含有192,000个克隆,平均插入片段为38kb,覆盖率约为白颊长臂猿基因组的2.5倍。通过对100个随机挑选的fosmid 克隆进行末端测序,获得了196个序列标签。将这100个经末端测序的fosmid 克隆与人的基因组进行BLAST比对以及将这些克隆制备成探针与白颊长臂猿和人的染色体中期分裂相进行荧光原位杂交(FISH),得到了这些克隆在人基因组和白颊长臂猿基因组上的精确定位。该文库以及所定位的克隆将为研究长臂猿以及其他高等灵长类染色体进化分子机制奠定基础,同时也为非人灵长类的比较基因组研究提供了宝贵的资源。另外, 我们还建立了中国穿山甲的BAC文库,克隆并比较分析了四种麂属动物的卫星DNA克隆的特征。已发表研究论文三篇。

成果

序号 标题 类型 作者
1 Construction, characterization and chromosomal mapping of a fosmid library of white-cheeked gibbon (Nomascus leucogenys). 期刊
2 Construction, characterization and FISH mapping of a bacterial artificial chromosome library of Chinese pangolin (Manis pentadactyla). 期刊
3 Cloning, Characterization, and FISH Mapping of Four Satellite DNAs from Black Muntjac (Muntiacus crinifrons) and Fea’s Muntjac (M. feae). 期刊

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